Doğumsal metabolizma hastalıkları çok sayıda olmakla birlikte genel olarak aşağıdaki şeklide guruplandırılabilir.
· Amino Asit Metabolizması Bozuklukları
Klasik Fenilketonüri, Biopterin Bozuklukları, Maternal Fenilketonüri, Hipertirozinemi, Richner-Hanhart Sendromu, trizonemi Tip 3, Alkoptonüri, Hepatorenal Tirozinos, Homosistiüri ve diğerleri
· Organik Asidemiler
Akağaç Şurubu İdrarı Hastalığı, Lösin Metabolizması Bozuklukları, İzolösin Bozuklukları, Valin Bozuklukları, Multpl Karboksilaz Eksikliği, Biotinidaz Eksikliği ve diğerleri
· Karbonhidret Metabolizması Bozuklukları
Glikojen Depo Hastalıkları, Galaktoz Metabolizması Bozuklukları, Früktoz Metabolizması Bozuklukları, Pentozüri, Gliserol Kinaz Eksikliği ve diğerleri
· Mitokondriyel Enerji Metabolizması Bozuklukları
Yağ Asidi Oksidasyonu Bozuklukları, Keton Kullanım Bozuklukları, Mitokondriyal Solunum Zinciri Hastalıkları ve diğerleri